Akciğer kanseri tanı ve tedavisine yönelik yazılım geliştirilecek
Ege Üniversitesi Mühendislik Fakültesi Biyomühendislik Bölümü Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz liderliğinde yürütülen “Akciğer Kanseri Tek Hücre Dizileme Verilerinde Alternatif Poliadenilasyon Nokta Analizleri için Biyoinformatik Yazılım Geliştirilmesi” Projesi Bilimsel ve Teknolojik Araştırmalar kapsamında desteklenmeye uygun bulundu. Türkiye Konseyi (TÜBİTAK) Araştırma Ek Birimi (ARDEB) Hızlı Teşekkür Programı. Ege Üniversitesi Rektörü Prof. Dr. Necdet Budak, üretken bilim insanı Dr. Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz’ı tebrik ederek başarılar diledi.
Araştırmayı değerlendiren Dr. Öğr.Gör. Yasin Kaymaz, “Tek hücreli RNA dizileme teknikleri, çoğunlukla kopyalanan genlerin 3′-UTR ucunun dizilenmesi prensibine dayanmaktadır. Bu şekilde elde edilen dizi okumaları, genin ifade düzeyini ölçmek için kullanılırken, potansiyel olarak genin hangi transkript izoformunun daha aktif olduğu hakkında bilgi verebilir. Ek olarak, NSCLC tümörü tek hücreli transkriptom profilleri, bugüne kadar tümöre özgü PA noktalarının incelenmesine konu olmamıştır. Bu açıdan bakıldığında, tek hücreli RNA dizileme verilerinin biyoinformatikte yeniden incelenmesi gerekmektedir.
Öğretim Üyesi Yasin Kaymaz, “Tek hücre dizileme çalışmaları ile oluşan birden fazla bilgi setinin entegrasyonu sonucunda, tümör hücrelerinin normal hücrelerle karşılaştırmalı analizi sonucunda poliadenilasyon noktalarının ve tümöre özgü profillerin belirlenmesi NSCLC için şu anda yapılmamıştır. Bu proje ile akciğer kanseri tek hücre araştırmalarındaki bu eksiklik giderilmeye çalışılacaktır. Tek hücreli tümör transkriptom profillerine dayanan hasta prognostik bilgileri ile alternatif poliadenilasyon kullanımının ilişkisini içeren bir çalışma literatürde henüz bulunamamıştır. Bu çalışma ile alternatif poliadenilasyon kullanımı ile tümör prognostik bilgisi arasındaki ilişki incelenecek ve uzun dönem sağkalıma etkisi incelenecektir.
Tümör hücrelerinin profili çıkarılacak
Öğr. Gör. APA takasları için. Tek hücre sıralama bilgisi, hücre çeşidine özgü alternatif poliadenilasyon nokta profillerinin çıkarılmasına ve bu profillerin fonksiyonel çalışmasına izin verebilir. Bu araştırmanın temel amacı, tek hücreli transkriptom bilgisini kullanmak ve NSCLC tümör hücrelerine özgü 3′-UTR’yi kullanmak ve normal hücrelerden farklı olarak alternatif poliadenilasyon noktalarını belirlemektir. Bu amaçla daha önce yayınlanmış çalışmalardan akciğer kanseri tek hücreli RNAseq verileri elde edilecek ve bu amaçla yeniden tasarlanan biyoinformatik aracımız ile tümör hücrelerinin poliadenilasyon profilleri belirlenecektir. Malign olmayan normal hücrelerin profilleri ile karşılaştırmalı analizler yapılarak, tümör hücrelerinin kullandığı alternatif poliadenilasyon noktaları istatistiksel testlerle belirlenecek ve ilgili genlerin biyobelirteç olma potansiyeli incelenecektir.
Kaynak: (BYZHA) Beyaz Haber Ajansı
